COMPARAÇÃO DE ESTRATÉGIAS E MONTADORES DE TRANSCRIPTOMA PARA ANÁLISE DE RNA-SEQ DE Leishmania
LUCAS CHRISTIAN DE SOUSA-PAULA ^1,2, WILSON JOSÉ DA SILVA JÚNIOR^1,2, RAUL MAIA FALCÃO^1,2, SÉRGIO DE SÁ LEITÃO PAIVA JÚNIOR^1,2, VALERIA CLAUDIANE SIMEÃO OLIVEIRA^1,2, VLADMIR COSTA SILVA^1,2, VALDIR DE QUEIROZ BALBINO^1,2, CARLOS HENRIQUE NERY COSTA^1,2
1. IAM / FIOCRUZ PE - Instituto Aggeu Magalhães / Fundação Oswaldo Cruz, 2. LABBE / UFPE - Laboratório de Bioinformática e Biologia Evolutiva / Universidade Federal de Pernambuco, 3. IDTNP / UFPI - Instituto de Doenças Tropicais Natan Portella / Universidade Federal do Piauí
lcsousapaula@gmail.com

O Sequenciamento de RNA (RNA-seq) é uma tecnologia inovadora que tem possibilitado analisar transcriptomas com acurácia e robustez. Algumas espécies de Leishmania , os agentes causadores das leishmanioses, têm sido analisadas utilizando RNA-seq, entretanto, a maioria destas análises tem sido baseadas em estratégias de montagem por referência, o que pode limitar ou enviesar o resultado a depender da qualidade do genoma de referência utilizado. Na ausência de um genoma de referência bem anotado, dados de RNA-seq podem ser montados de novo utilizando softwares de bioinformática. Com o objetivo de padronizar estratégias para montagem de novo de RNA-seq de Leishmania , nós comparamos seis softwares montadores e cinco pipelines de pré-processamento de dados para analisar o RNA-seq da Leishmania infantum (cepa Teresina), o principal agente causador da leishmaniose visceral no Novo Mundo. Transcritos montados com comprimento >500 e >1000 pb, cobertura do bando de dados, isoforma 95%-montada e porcentagem de reads utilizados para a montagem (%RUM) foram escolhidos como critérios para avaliação. Em relação ao comprimento dos transcritos montados, cobertura do banco de dados e isoforma 95%-montada, o pipeline zero (P0) mostrou os melhores resultados. Em relação aos montadores, rnaSPAdes mostrou os melhores resultados para cobertura do banco de dados e isoforma 95%-montada, enquanto que IDBA-tran se sobressaiu em relação aos transcritos montados >500 e 1000 pb. No critério %RUM, o montador Trinity foi o melhor. Nossas análises servirão de base para futuros estudos, auxiliando usuários inexperientes a escolher qual melhor software de montagem e qual melhor estratégia de pré-processamento de dados de RNA-seq de acordo com seus próprios objetivos.